environment building

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Conda（服务器端root账号下一次安装，全部用户可使用）

  1. 下载anaconda安装脚本，可通过清华镜像下载，linux下可使用wget，如：

    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh

  2. 切换到root账户或者使用具有sudo权限账号运行脚本，如：

    sh Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh -p /opt/anaconda3 -b

    其中 -p 指定安装位置，-b 无需人工干预。这里选择 /opt/anaconda3 安装是因为该位置每个账户均可以访问该位置，也可以使用/usr/local/anaconda3

  3. 等待安装结束后用用户账户运行

    /opt/anaconda3/bin/conda init bash

    之后重新打开终端即可激活conda环境。

这种方法安装的conda环境存在互相干扰的可能性，建议用户不要在base环境中进行任何修改，使用conda create -n <name>创建自己anaconda虚拟环境后再修改

该情况存在共用缓存文件夹导致的权限问题，目前能想到的解决方案是在每次安装后使用sudo chmod +777 -R /opt/anaconda3/pkgs/将缓存文件夹中所有文件更改为777

FSL

  1. 下载fsl安装脚本

    wget https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py

  2. 下载python2用于运行脚本

    sudo apt install python

  3. 安装fsl

    sudo python2 fslinstaller.py -d /usr/local/fsl

  4. 在任何需要使用fsl的用户账户终端输入以下命令添加环境变量：

    sed -i '$a FSLDIR=/usr/local/fsl\n. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh\nPATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}\nexport FSLDIR PATH' ~/.bashrc
source ~/.bashrc

    参考环境变量配置指南编写，效果是在用户环境变量文件末尾添加所需内容并刷新之。如需对所有用户都进行环境变量配置，可将写入与更新路径改为 /etc/bash.bashrc

  5. （非常见）安装完成后出现 error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 错误，可能是安装依赖不完全导致，sudo apt install libquadmath0 安装对应库即可解决问题

ANTs

参考官方安装指南

  1. (如果已经安装可以跳过）安装所需依赖

    sudo apt install gcc g++ git zlib1g
sudo snap install cmake --classic

    使用snap安装cmake是为了获取最新版本的cmake，防止因cmake版本号过低导致的安装失败

  2. 运行以下代码来编译ANTs

    git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
mkdir ANTs/build
cd ANTs/build
sudo cmake \
 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/ANTs \
 ../ 2>&1 | sudo tee cmake.log
sudo make -j 4 2>&1 | tee build.log
cd ANTS-build
sudo make install 2>&1 | sudo tee install.log

    这里可能由于github连接问题导致ITK下载失败，再试几次可能能够解决问题

  1. 在任何需要使用ANTs的用户账户终端输入以下命令添加环境变量
    sed -i '$a ANTSPATH=/usr/local/ANTs/bin\nPATH=${ANTSPATH}:${PATH}\nexport ANTSPATH PATH' ~/.bashrc
source ~/.bashrc
    如果已经根据上文安装流程安装FSL，可以通过文字编辑器编辑 ~/.bashrc 文件对结尾部分进行一定简化，如：
    FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
ANTSPATH=/usr/local/ANTs/bin
PATH=${ANTSPATH}:${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR ANTSPATH PATH

VSCode

wget -q https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc -O- | sudo apt-key add -
sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable main"
sudo apt install code