辅酶的主页

Welcome!

发表于 2021-12-15 更新于 2021-12-16

Welcome to TripleCoenzyme’s homepage.

For personal introduction, please visit About.

欢迎来到辅酶的辅酶的辅酶的主页!

个人简介请访问关于选项卡

ubuntu新建账户及权限设置

发表于 2022-03-01

Ubuntu 账户新建

adduser USER_NAME

添加到sudo用户组

usermod -aG sudo USER_NAME

检查更改情况

groups USER_NAME

change source fastly in ubuntu

发表于 2022-01-03

使用几行代码快速完成备份及更新软件源

阿里源

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak_`date "+%y_%m_%d"`
sudo sed -i 's/http:\/\/.*.ubuntu.com/https:\/\/mirrors.aliyun.com/g' /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt upgrade

清华源

sudo sed -i 's/http:\/\/.*.ubuntu.com/https:\/\/mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/g' /etc/apt/sources.list

Reference from: https://www.cnblogs.com/fang-d/p/Ubuntu20_04-Change_repo.html

ssh login with keys

发表于 2022-01-03

使用SSH免密码登录linux服务器

关于公钥私钥

简单记忆方法：公钥为锁，位于服务器上任何人可见，生成结果带有.pub后缀；私钥为钥匙，位于个人电脑上仅个人知道

创建公钥私钥对

在个人主机上输入以下命令

ssh-keygen -t ed25519 -f id_ed25519 -C "abc@abc.com"

其中-t表示生成密钥种类，建议ed25519，性能高于rsa；

阅读全文 »

mount disk

发表于 2022-01-02

直接挂载

使用sudo fdisk -l与lsblk -f确定挂载目标盘情况，如果出现未格式化情况，可能需要使用sudo mkfs -t ext4 /dev/xxx进行格式化
在/mnt/内创建文件夹，用于挂载硬盘
使用sudo mount /dev/xxx /mnt/xxx进行挂载
使用sudo umount -v /dev/xxx或sudo umount -v /mnt/xxx进行卸载

开机自动挂载

至少完成直接挂载，确保不存在挂载本身问题
通过sudo blkid /dev/xxx查询硬盘本身UUID
修改/etc/fstab文件，在末尾添加：
```
UUID=************   /mnt/xxx    ext4    defaults    0   2
```
第一个数字：0表示开机不检查磁盘，1表示开机检查磁盘；
第二个数字：0表示交换分区，1代表启动分区（Linux），2表示普通分区

environment building

发表于 2022-01-01 更新于 2022-04-03

Conda（服务器端root账号下一次安装，全部用户可使用）

下载anaconda安装脚本，可通过清华镜像下载，linux下可使用wget，如：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh

切换到root账户或者使用具有sudo权限账号运行脚本，如：
```
sh Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh -p /opt/anaconda3 -b
```
其中 -p 指定安装位置，-b 无需人工干预。这里选择 /opt/anaconda3 安装是因为该位置每个账户均可以访问该位置，也可以使用/usr/local/anaconda3
等待安装结束后用用户账户运行
```
/opt/anaconda3/bin/conda init bash
```
之后重新打开终端即可激活conda环境。

这种方法安装的conda环境存在互相干扰的可能性，建议用户不要在base环境中进行任何修改，使用conda create -n <name>创建自己anaconda虚拟环境后再修改

该情况存在共用缓存文件夹导致的权限问题，目前能想到的解决方案是在每次安装后使用sudo chmod +777 -R /opt/anaconda3/pkgs/将缓存文件夹中所有文件更改为777

FSL

下载fsl安装脚本

wget https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py

下载python2用于运行脚本
```
sudo apt install python
```

安装fsl

sudo python2 fslinstaller.py -d /usr/local/fsl

在任何需要使用fsl的用户账户终端输入以下命令添加环境变量：
```
sed -i '$a FSLDIR=/usr/local/fsl\n. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh\nPATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}\nexport FSLDIR PATH' ~/.bashrc
source ~/.bashrc
```
参考环境变量配置指南编写，效果是在用户环境变量文件末尾添加所需内容并刷新之。如需对所有用户都进行环境变量配置，可将写入与更新路径改为 /etc/bash.bashrc
（非常见）安装完成后出现 error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 错误，可能是安装依赖不完全导致，sudo apt install libquadmath0 安装对应库即可解决问题

ANTs

阅读全文 »

.h5 file as pytorch dataset

发表于 2021-12-16

使用h5文件用作数据集储存的优点

见stackoverflow question

存储数据尺寸无限制
存储时间与空间效率较mat文件高
自定义压缩方式
支持以切片方式读取矩阵中的部分内容，而无需读取整个矩阵

Beyond the things listed above, there’s another big advantage to a “chunked”* on-disk data format such as HDF5: Reading an arbitrary slice (emphasis on arbitrary) will typically be much faster, as the on-disk data is more contiguous on average.
matlab也支持